Skoghøy var høyesterettsdommer i over atten år frem til januar 2017, da han vendte tilbake som professor ved Universitetet i Tromsø. I oktober 2020 tiltrådte han igjen som dommer i Høyesterett.
Skoghøy tok juridisk embetseksamen ved Universitetet i Oslo i 1980 og var dommerfullmektig i Tromsø byrett fra 1980 til 1981. I 1981 fungerte han også et halvt år som sekretær i Straffelovkommisjonen – et ekspertutvalg oppnevnt for fullstendig revisjon av straffelovgivningen.
Sensommeren og høsten 1982 var han forskningsstipendiat ved Nordisk institutt for sjørett ved Universitetet i Oslo. I denne perioden skrev han en bok om mannskapsrett, som handlet om det arbeidsrettslige forholdet mellom sjømann og reder. Fra 1983 til 1987 var Skoghøy privatpraktiserende advokat i Tromsø. I løpet av denne perioden arbeidet han også med en avhandling om Kongen og hans forfatningsrettslige stilling innenfor Den norske kirke. Han fikk møterett for Høyesterett i 1988.
Ved årsskiftet 1987/88 gikk Skoghøy over i en stilling som professorstipendiat ved Institutt for rettsvitenskap ved Universitetet i Tromsø. I 1990 tok han juridisk doktorgrad på en avhandling om factoringpant. Dette året ble han også professor og dekan ved Institutt for rettsvitenskap ved samme universitet, hvor han ble frem til 1998. I 1997 ble han oppnevnt til leder av Strukturutvalget for herreds- og byrettene, som utredet spørsmål om førsteinstansdomstolenes organisasjon og arbeidsmåte. Mens han var ansatt ved universitetet, drev han begrenset advokatpraksis ved siden av.
Skoghøy tiltrådte som dommer i Høyesterett 15. august 1998. Ved siden av dommergjerningen har han gjennom flerfoldige vitenskapelige artikler kastet lys over prinsipielle spørsmål. Dette inkluderer det folkerettslige forbudet mot gjentatt straffeforfølgning, Grunnlovens forbud mot tilbakevirkende lovgivning og menneskerettighetenes stilling i norsk rett etter de nye grunnlovsbestemmelsene av 2014. Skoghøy har i løpet av sin karriere fostret en ruvende stabel av teoretiske verk, særlig innen panterett og sivilprosess. I kommentarutgaven til straffeloven av 1902 (Magnus Matningsdal, 2006) skrev han kommentarene til kapitlene om forbrytelser og forseelser i sjøfartsforhold, og det er han som skriver kommentarene til panteloven og skipsarbeidsloven (tidligere sjømannsloven) i Norsk lovkommentar. Han har også skrevet om fremveksten av urfolks rettigheter, og særskilt det samiske folkets rettigheter i lys av denne utviklingen.
Gjennom sitt virke har Skoghøy hatt flere verv som leder og medlem av diverse utvalg. Han har vært medlem av Samerettsutvalgets folkerettsgruppe (1995–1996) og Kystfiskeutvalget for Finnmark (2006–2007). Skoghøy var også leder av Domstolsstrukturutvalget (1997–1999). I 2001 ble han utnevnt til leder av Ekspropriasjonsutvalget, som i 2003 la frem sitt lovforslag om arealplaners betydning for utmåling av erstatning for ekspropriasjon. Denne utredningen har ikke ført til lovendringer, men utredningen har likevel fått betydning, da utvalgets redegjørelse for gjeldende rett stort sett er blitt lagt til grunn for senere praksis.
Skoghøy tjente som høyesterettsdommer i over atten år. Han gikk av 31. januar 2017, etter å ha blitt innvilget avskjed i nåde fra Kongen i statsråd. Skoghøy vendte da tilbake som professor ved Universitetet i Tromsø, der han underviste studenter og veiledet doktogradsstipendiater. 12. oktober 2020 tiltrådte han igjen som dommer i Høyesterett.
Bøker av Jens Edvin A. Skoghøy
Skoghøy, Jens Edvin A.,
Panterett, 4. utg., Universitetsforlaget 2018
Skoghøy, Jens Edvin A.,
Rett og rettsanvendelse, Universitetsforlaget 2018.
Skoghøy, Jens Edvin A.,
Tvisteløsning, 3. utg., Universitetsforlaget 2017.
Bergby, Gunnar, Magnus Matningsdal, Jens Edvin A Skoghøy og Toril Marie Øie, Rettsavklaring og rettsutvikling: festskrift til Tore Schei, Universitetsforlaget 2016.
Skoghøy, Jens Edvin A. Panteloven med kommentarer, 3. utg., Gyldendal Juridisk 2016.
Schei, Tore, Toril Marie Øie og Jens Edvin A. Skoghøy, Lov Sannhet Rett. Norges Høyesterett 200 år, Universitetsforlaget 2015.
Skoghøy, Jens Edvin A.,
Panterett, 3. utg., Universitetsforlaget 2014.
Skoghøy, Jens Edvin A., Nytt i ny tvistelov, Universitetsforlaget 2008.
Hauge, Christian og Jens Edvin A. Skoghøy, Avgjørelser i sivilprosess, Fagbokforlaget 2007.
Eriksen, Gunnar K., Jens Edvin A. Skoghøy og Ánde Somby, Fem artikler i samerett, Det juridiske fakultet, Universitetet i Tromsø 2001.
Skoghøy, Jens Edvin A., Tvistemål, 2. utg. Universitetsforlaget 2001.
Skoghøy, Jens Edvin A. (red.), Fra institutt til fakultet: jubileumsskrift i anledning av at IRV ved Universitet i Tromsø feirer 10 år og er blitt til Det juridiske fakultet, Pensumtjeneste 1997.
Skoghøy, Jens Edvin A., Menneskerettigheter og urbefolkning, Institutt for rettsvitenskap, Universitetet i Tromsø 1991.
Skoghøy, Jens Edvin A., Kompendium i Sivilprosess I, Institutt for rettsvitenskap, Universitetet i Tromsø 1991.
Skoghøy, Jens Edvin A., Rettergangsstraff: særlig om domstollovens §§ 198, 200 og 202-204, 2. utg. Den norsk advokatforening 1994
Skoghøy, Jens Edvin A., Innføring i mannskapsrett, Egmont 1983
Skoghøy, Jens Edvin A., Konge, rikskirke og lokalmenighet: om Kongens forfatningsrettslige stilling innenfor Den norske kirke – særlig konfesjonelle og rituelle spørsmål, Universitetsforlaget 1989
Kilder