Margrethe Søbstad ble cand.jur. ved Universitetet i Oslo i 1995. Etter endt utdannelse jobbet hun fra 1996 til 1999 i Sivilavdelingen i Justisdepartementet. Her jobbet hun med voldsoffererstatning, billighetserstatning, vergemål, stiftelser og internasjonalt rettslig samarbeid, herunder utlevering og rettsanmodninger. Hun var dommerfullmektig i Tønsberg tingrett i 1999 og i Drammen tingrett frem til 2001. Fra 2001 til 2005 var hun advokat i Simonsen Føyen advokatfirma, hvor hun arbeidet med forretningsjuss.
Søbstad har jobbet hos Likestillings- og diskrimineringsombudet siden 2006. Her har hun overordnet ansvar for diskrimineringsregelverket. Hun holder kurs og foredrag og er blant annet med i det europeiske nettverket for ombud og ombudslignende institusjoner, Equinet.
